园区运营维持现状难以为继。
因为历史原因，园区功能布局没有统筹兼顾、集中成片，科研院所与居住、服务、教育等功能混合交错，无法形成可持续性发展的格局。特别是职工居住功能片区的建设失衡，大部分居民楼是五十年代建筑，整体居住、服务设施落后，设备陈旧老化。职工生活环境恶劣，单位维修、维护负担沉重。社会组织发育尚未完全摆脱单位社区形态而发展成为成熟的城市社区，社区居民成分复杂，治安环境严峻，社会综合治理难度极大，职工、群众要求改变现状的呼声很大。
新建项目布局见缝插针，系统单位发展需要创新孵化功能平台和完善的后勤支撑体系。
武汉分院各单位自实施知识创新工程以来，加大了科教基础设施的建设力度。经过“十五”及“十一五”布局的新建项目的建成，等到“十二五”规划时，面临的最大问题就是园区内已经没有一块完整的、可供规划的建设用地了。
物数所“十二五”项目，见缝插针地在2栋旧楼之间进行的布局；岩土所“十二五”项目是拆除了中区分院礼堂后方才落地；分院“十二五”项目是拆除了老幼儿园之后获得的规划用地；分院3H公寓项目用地从东区辗转到教育园区，在拆除旧研究生公寓楼之后才得以建设。各建设单位为谋划布局新建项目历经周折，付出极大的代价。
随着“创新2020”的实施和“一三五”规划的启动，科研创新活动和人才队伍建设的多样化的服务需求日益增长，园区在科研环境条件以及生活居住环境等方面的不足与劣势越来越明显，特别是研究所新进职工在住房等方面的实际困难越来越突出，旧房拿不出手，新房价格高、远离园区。不利于科研人员安心致研。
园区缺少高科技配套设施及科研支撑体系的建立，缺少推动科技、经济转化的平台，缺少系统化、高科技化的园区管理机构。这些短板不利用区内各个功能区间的互动和相互支撑、不利于吸引高端人群、及产业、企业的入驻，不利于构建可持续发展的功能结构体系，园区软硬件环境的亟待更新及升级。
园区现状容积率低，大量土地因历史原因被职工房改房占用。
小洪山园区地处武汉城市核心地带，与园区周边地区整体发展态势相比，土地空间资源利用不高，处于相对落后状态，被称为“发展洼地”，于中国科学院的对外整体形象极为不利。同时，在园区八一路城市主干道的沿街景观并未成形，被低矮的厂房、宿舍等建设年代过久的建筑占用，形成极大的土地资源的浪费。如果不实施旧城改造，为科研发展腾出建设用地，则武汉分院地区所属科研机构的后续发展规划将是纸张谈兵，无法落到实处。
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